Выравнивание последовательностей белков

Глобальное выравнивание гомологичных последовательностей

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Acetyl-coenzyme A carboxylase	ACCA_ECOLI	ACCA_BACSU	814.5	51.1	66.0	14	4
Biotin carboxyl carrier protein	BCCP_ECOLI	BCCP_BACSU	288.5	39.8	60.9	7	5
ATP synthase gamma chain	ATPG_ECOLI	ATPG_BACSU	504.5	36.3	61.0	10	3

Локальное выравнивание гомологичных последовательностей

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Acetyl-coenzyme A carboxylase	ACCA_ECOLI	ACCA_BACSU	823.5	53.8	69.6	3	2	82.1%	80.6%
Biotin carboxyl carrier protein	BCCP_ECOLI	BCCP_BACSU	288.5	40.5	62.0	4	3	100%	98.1%
ATP synthase gamma chain	ATPG_ECOLI	ATPG_BACSU	504.5	36.4	61.2	9	2	100%	99.6%

Выравнивание негомологичных последовательностей

	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Global	LGOT_ECOLI	GMUD_BACSU	13.0	2.2	5.2	730	7	-	-
Local	LGOT_ECOLI	GMUD_BACSU	32.5	20.9	28.1	74	8	29.3%	21.3%

Как можно заметить, при выравнивании негомологичных последовательностей резко падает процент идентичности и похожести и возрастает количество гэпов.

Сохранение выравнивания в fasta-формате и импорт в Jalview.

Глобальное выравнивание белков ACCA_ECOLI и ACCA_BACSU в виде проекта Jalview

Множественное выравнивание белков

Мною были найдены 11 белков с мнемоникой ACCA. Пять из них я выбрал для множественного выравнивания. Все белки кроме ACCA_PEA выровнялись хорошо. Наиболее консервативные участки:226-234; 246-253; 287-296.